您作为事业单位正式职工，病假超过两年，可能面临以下法律风险：1.劳动合同解除风险：若医疗期已届满，且您不能从事原工作也不能从事单位另行安排的工作，单位有权依法解除劳动合同。例如，您因长期病假无法胜任原岗位，单位为您调整到后勤岗位，您仍无法胜任，单位可解除劳动合同。2.经济损失风险：若单位解除劳动合同，您可能会失去工作及相关的工资、福利待遇。如果您未按规定程序处理，还可能无法获得应有的经济补偿。
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您作为事业单位正式职工，病假超过两年的处理方式需结合医疗期规定及单位制度。以下为您详细分析不同情况的处理方式：1.若您的医疗期尚未届满，单位一般不得解除劳动合同，您可继续享受病假待遇。2.若您的医疗期已届满，且不能从事原工作，也不能从事单位另行安排的工作，单位在履行提前三十日书面通知或支付代通知金后，可以解除劳动合同，并支付经济补偿。3.若您能提供经劳动能力鉴定委员会确认的完全丧失劳动能力证明，且符合退休、退职条件，可办理退休或退职手续。
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您作为事业单位正式职工，病假超过两年，以下特殊情况或例外情形可能会影响问题的处理：1.病情严重需延长医疗期：如果您的病情严重，经医疗机构证明，在医疗期内尚不能康复，根据相关规定，可能适当延长医疗期。延长的医疗期会影响单位解除劳动合同的时间。2.单位未履行法定程序：若单位在解除劳动合同时，未提前三十日书面通知或未支付代通知金，可能构成违法解除劳动合同。此时您可要求单位继续履行劳动合同或支付赔偿金。3.已办理退休或退职手续：如果您在病假期间已达到法定退休年龄且符合退休条件，或经鉴定完全丧失劳动能力办理了退职手续，则不涉及劳动合同解除问题，按退休或退职待遇处理。
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您作为事业单位正式职工，病假超过两年的情况，其处理的法律依据主要来自《中华人民共和国劳动合同法》。《中华人民共和国劳动合同法》第四十条规定：“有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的。”您作为事业单位正式职工，病假已超过两年，首先需确定您的法定医疗期。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的医疗期为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。若您的医疗期已届满，且经单位另行安排工作仍不能胜任，单位可依据上述法律规定解除劳动合同，并支付经济补偿。

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